该剧讲述的是云之子Fuwari和面包超人为了拯救Fuwari出生的云之国而展开的斗争的故事。这也是Dokin-chan首次担任主角的剧情片。与前作一样，影片中引入了可以尽情唱歌和拍手的环节，并在“面包超人运动场”举办各种体育赛事，穿插播放《San San Taiso》和《Tamashimasa no Uta》等歌曲。
将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
孤独的木匠爷爷这晚亲手制作了一个木偶男孩——皮诺曹。可能上天眷顾爷爷，午夜，蓝仙女显灵了，她让这个木偶男孩具有了意识，能像其他男孩那样跑跑跳跳了。获得了生命的皮诺曹兴奋不已，很快和屋子里的小动物交上了朋友。早上爷爷起来见到皮诺曹惊讶不已，他十分感激上天赐给他的礼物。
在名为斯沃罗夫的小岛上，生活着一个名叫弗林德·洛克伍德（比尔·哈德 Bill Hader 配音）青年，他从小就想法多多，热衷各种各样的科学发明，比如不用鞋带的鞋子、能够自动行走的电视、飞行汽车、猴子语言翻译器等。想法虽好，但通常都以失败和灾难告终。母亲生前对他的鼓励令弗林德从不灰心，他屡挫屡勇，在科学发明的天地里自得其乐。不过，老爸再也无法忍受儿子无休止的折腾，他要求弗林德在自家的店里帮忙。与此同时，为了解决当地食物匮乏的问题，弗林德偷偷进行着超级食物机的研究。在最新的尝试中，弗林德毁掉了刚刚揭幕的沙丁鱼乐园，不过他的实验也取得成效。众目睽睽之下，天空下起了令人难以置信的汉堡包雨！一切都变得有趣起来……
